SPF级雄性SD大鼠回肠与结肠菌群结构比较分析

摘要：

目的 使用高通量测序技术分析SPF级雄性SD大鼠回肠与结肠菌群结构与丰度.方法 收集30只SPF级雄性SD大鼠的回肠及结肠腔内容物,提取内容物中细菌总DNA并进行PCR扩增.使用Ilumina NovaSeq测序平台对样本中细菌16S rRNA的V3-V4区进行测序.然后基于有效数据在门、属水平上分析肠道菌群的物种结构和丰度,采用QIIME软件(扩增子)分析工具分析回肠和结肠菌群的多样性及差异,同时应用Tax4Fun程序预测回肠及结肠菌群的优势基因富集通路.结果 在门水平上,雄性SD大鼠回肠内微生物优势菌群主要是厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria),占比超过98％;结肠内微生物优势菌群主要是厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),占比超过95％.在属水平上,回肠以乳酸杆菌属(Lactobacillus)和另枝菌属(Alistipes)为主要优势菌群,结肠以乳酸杆菌属(Lactobacillus)及罗姆布茨菌属(Romboutsia)为优势菌群.在菌群多样性方面,结肠菌群的α多样性包括丰富度指数(Chao1指数)及多样性指数(香农指数Shannon index)都显著高于回肠(P<0.01),其菌群物种的组成结构差异性比回肠小;回肠菌群结构差异性显著的主要是厚壁菌门(Firmicutes)、罗姆布茨菌属(Romboutsia)和消化链球菌科(Peptostreptococcaceae),而结肠菌群结构差异性显著的是拟杆菌门(Bacteroidetes)、拟杆菌纲(Bacteroidia)和拟杆菌目(Bacteroidales).在菌群功能方面,回肠菌群优势基因显著富集于类脂物代谢、多酮代谢、膜运输、生物降解等通路,而结肠菌群优势基因显著富集于甘聚糖生物合成代谢、能量代谢、辅助因子和维生素及其他产物的生物合成等通路.结论 SPF级雄性SD大鼠回肠与结肠菌群在结构与丰度上存在显著差异,结肠菌群的丰富度及多样性高于回肠.

关键词：肠道菌群、菌群丰度、回肠、结肠、SD大鼠

所属期刊栏目：43

分类号：Q95-33;R-332(动物学)

资助基金：全军实验动物专项科研课题SYDW201810

在线出版日期：2023-03-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：53-60