鲚属单核苷酸多态性位点(SNPs)标记开发及在物种界定中的应用初探

摘要：

单核苷酸多态性(SNP)分子标记结合二代测序技术是研究群体遗传学强有力的工具,同时也是界定物种的最佳方法之一.与以往获取SNPs数据的常用方法相比,靶基因富集的方法可以用来富集不同物种的同源片段,甚至可以用于部分降解的DNA.本研究应用一套通用的脊椎动物单拷贝核基因标记,通过基因富集和Illumina测序获取鲱形目鲚属数千个SNPs位点.样本取自靠近长江入海口的沿海地区、长江干流和洞庭湖.用STRUCTURE和Bayes factor delimitation(*with genomic data,BFD*:一种新的物种界定工具)分析SNPs数据,发现洞庭湖的短颌鲚显著不同于其他采样点的样本,而从沿海地区采集的刀鲚与长江干流的个体之间的差异不明显(Bayes factor=11.3).研究表明,基因富集可以用来获得非模式生物的SNPs数据,结合新的分析工具如BFD*可用于物种界定.

关键词：靶基因富集、基因标记、物种界定、SNP位点、BFD*、鲚属

所属期刊栏目：26

分类号：S917(水产基础科学)

资助基金：上海市教委科研创新项目B2-5308-13-0455

在线出版日期：2017-03-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：8-16