西方蜜蜂的基因注释信息优化及新基因鉴定

摘要：

西方蜜蜂(Apis melli era)全基因组序列早在2006年就已公布,但其基因注释信息并不完善.本研究利用前期获得的意蜂幼虫肠道RNA-seq数据对西方蜜蜂基因组的已知基因进行结构优化,对新基因进行预测、鉴定和分析.利用Cufflink软件进行转录本重构,进而与参考转录本序列进行比较,共对4 177个已公布西方蜜蜂基因的测序结果进行了优化,其中5′端延长、3 ′端延长、5 ′和3′端都延长的基因分别有2 383、2 392和2 384个.利用Cuff compare软件将重构转录本与参考基因组进行比对,共预测出197个西方蜜蜂新基因,随机挑选20个新基因进行RT-PCR验证,有18对引物成功扩增出符合预期的目的片段.GO分类结果显示这些新基因涉及运输和代谢、能量代谢和信号分子和交互等21个GO terms.KEGG代谢通路(pathway)富集分析结果显示这些新基因富集于13个pathways,其中基因富集数最多的是细胞进程、单一有机体和结合.本研究为西方蜜蜂基因组信息提供了有益的补充和完善,也为新基因的功能研究打下了基础.

关键词：西方蜜蜂、意大利蜜蜂、幼虫肠道、基因结构优化、新基因鉴定

所属期刊栏目：36

分类号：S891(养蜂、益虫饲养)

资助基金：国家自然科学基金31702190;现代农业产业技术体系建设专项资金CARS-44-KXJ7;福建农林大学科技创新专项基金项目CXZX2017342,CXZX2017343

在线出版日期：2018-08-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：39-44