病毒宏基因组学方法鉴定出小熊猫粪便中一株新型指环状病毒

摘要：

研究从2份小熊猫粪便样品中检测到了一种新型的指环状病毒,命名为AV-Chengdu1(GenBank KX611132).全基因组测序结果表明,其基因组全长约2 900 nt,GC含量为49.8％;基因组结构分析表明其含3个开放阅读框(ORF1:1 743 nt,ORE2:393 nt,ORF3:399 nt),其中ORF1编码产物的氨基酸序列与一株来自松貂的指环状病毒的氨基酸序列(JN704611)同源性为56.4％.系统进化分析表明其与来自松貂的指环状病(JN704611)紧密聚类.

关键词：小熊猫、病毒宏基因组学、指环状病毒、基因组结构分析、系统进化分析

所属期刊栏目：36

分类号：S852.65(动物医学（兽医学）)

资助基金：国家自然科学基金31270186,31372223;四川省大熊猫保育研究基金CPFResearch CPF2014-02;上海交通大学Agri-X项目AF1500028/001

在线出版日期：2018-04-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：14-19,35