基于半参数回归模型的多区域单倍体型与纵向性状关联分析

摘要：

由于影响复杂性状的有些基因组单体型是有时间效应的,因此对复杂性状与基因组单体型的关联分析应该考虑时间效应.Zhang等提出的半参数模型不能直接应用于基因组单体型的分析.本文在Zhang等提出的分析纵向数据的半参数模型基础上,把模型的参数固定效应用来拟合单倍体型和其他固定协变量效应,时间效应通过二次可微函数来拟合,参数的估计按照Zhang等的方法,采用似然比检验来检验单倍体型效应.通过对我们升级的方法与一般的混合模型Haplo.stats和FAMHAP的htr模型进行模拟比较,证实对动态性状通过考虑多次采样数据的时间效应比对单次采样更能提高单倍体型效应的检出率.我们把这种半参数回归模型研究猪具有多胎的繁殖记录与MMP1和MMP10基因的单倍体型分析中.

关键词：半参数回归模型、多区域、单倍体型、纵向性状、关联分析

所属期刊栏目：28

分类号：Q343.15(遗传学分支学科)

资助基金：国家自然科学基因30671492;"863"项目2008AA101002;上海市科技兴农重点公关项目[沪农科攻字2003第1-1号] 和[沪农科攻字2003第3-2号]资助

在线出版日期：2010-10-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：325-328,354