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10.3969/j.issn.1671-9964.2009.01.007

猪MMP9基因的序列及分子进化分析

引用
MMP9属于基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinase,MMP)家族成员,该家族是细胞外基质(extracellular matrix,ECM)降解过程中必不可少的酶.通过分析NCBI数据库中猪MMP9基因的序列,发现存在长为500 bp的不匹配区域,针对该区域设计两对引物进行扩增,得到猪MMP9基因确切的基因组序列.并发现10处碱基替代和1处插入突变.结合NCBI中已有的14个物种MMP9的氨基酸序列,利用生物学软件进行了分子进化分析,得到如下结果:(1)聚类分析显示,14个物种明显归为2类.8个哺乳动物种为一紧密类群,鸡与爪蟾和鱼类聚为一松散类群,该聚类结果与公认的动物分类及进化关系密切吻合;(2)PAMIA的Branch模型预测显示,猪、牛与马在分化过程中MMP9基因受到纯化选择作用(ω=0.2297);Site模型预测显示,猪MMP9基因有11个点为正选择氨基酸位点.

猪:MMP9、分子进化

27

S813.8(普通畜牧学)

"973计划"2006CB102102和2004CB117502;沪农科攻字2005第3-2号,948项目2004-Q3-07资助

2009-04-29(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)

共5页

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上海交通大学学报(农业科学版)

1671-9964

31-1837/S

27

2009,27(1)

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