生物信息学分析钙化斑块中衰老诱导基因
血管钙化是引起心血管疾病发生的重要病理生理基础,但其机制尚不十分清楚.近些年研究表明,衰老是血管钙化重要诱因之一,参与血管钙化形成和发展.本文旨在研究血管钙化的细胞亚群微环境特征,识别与钙化斑块密切相关的衰老诱导基因(aging/senescence-induced genes,ASIGs),探索血管钙化各细胞亚群演化轨迹.基于生物信息学方法对来源于3例接受颈动脉内膜剥脱术患者的颈动脉样本单细胞转录组测序数据集(Gene Expression Omnibus数据库:GSE159677)进行细胞分群及注释,利用ASIGs数据集识别出血管钙化相关衰老基因,通过Monocle 3进行拟时序分析ASIGs在细胞亚群中的拟时间趋势,揭示参与血管钙化细胞的演变轨迹.数据集经质量控制后,所有细胞被划分为8个细胞类型,包括B细胞、T细胞、平滑肌细胞、巨噬细胞、内皮细胞、成纤维细胞、肥大细胞、祖细胞.通过ASIGs数据集,筛选出与血管钙化相关的10个ASIGs,分别编码补体ClqA(complement ClqA,C1QA)、超氧化物歧化酶3(superoxide dismutase 3,SOD3)、溶菌酶(lysozyme,LYZ)、胰岛素样生长因子结合蛋白7(insulin-like growth factor binding protein-7,IGFBP7)、补体ClqB(complement ClqB,C1QB)、补体ClqC(complement ClqC,ClQC)、血管性血友病因子(von Willebrand factor,vWF)、小窝蛋白 1(Caveolin 1,CAV1)、丛生蛋白(clusterin,CLU)、αB-晶状体蛋白(αB-crystallin,CRYAB).拟时序分析发现各细胞类型均参与血管钙化进展,同时这些ASIGs可能在细胞演变过程中起着重要作用.综上,AGIS在血管钙化进展中发挥重要作用,其高表达基因可能为血管钙化的早期诊断与治疗提供思路.
衰老、血管钙化、生物信息学、拟时序分析
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R730.2;Q78;S852.65
2023-04-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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