多重时滞生化反应系统的MD-Leaping算法

摘要：

针对多重时滞生化反应系统,提出MD-Leaping模拟算法,该算法能快速有效地刻画封闭系统中生化反应的进程和结果.相较于D-Leaping算法,针对单时滞反应建立以反应序列为主体的四元结构体,该算法通过对多重时滞反应系统建立以不同时滞时间为主体的四元结构体,使得在每一个跳跃时间步长内可以同时模拟多个生化反应,提高了模拟速度.该算法拓展D-Leaping算法,并首次解决多重时滞生化反应系统的加速模拟问题.通过对2个具体生化反应系统的模拟表明,该算法可以广泛地应用于多重时滞生化反应系统,并且与已有的多重时滞系统非跳跃方法(multi-delay stochastic simulation algorithm,MDSSA)相比,其运行效率有显著提高.

关键词：多重时滞系统、随机模拟算法、生化反应系统、MD-Leaping算法

所属期刊栏目：19

分类号：O644(物理化学（理论化学）、化学物理学)

资助基金：国家自然科学基金资助项目30971480

在线出版日期：2013-04-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：75-79