CPSE-Bio:基于云计算的生物问题求解环境

摘要：

生物信息学是结合计算机技术解决生物问题,利用计算机能力加速生物研究的交叉性学科.问题求解环境(problem solving environment,PSE)是一类面向科学问题求解的计算平台,研究人员通过使用PSE可以高效地参与和开展科学研究.由于生物数据规模通常很大,而这些数据随着生物技术的发展仍在不断地增加,因此,传统的单机单系统PSE已无法满足生物计算需求.介绍上海大学计算机工程与科学学院高性能计算研究所生物信息学研究团队将云计算技术与PSE相结合,实现基于云环境的问题求解环境CPSE-Bio,并对其中2个代表性模块,即PPI(protein-protein interaction)多数据库网络查询(multi-database retrieval technology,MDRT)模块和蛋白质挖掘(protein mining,PM)模块,进行性能分析和比较.

关键词：生物信息学、问题求解环境、云计算

所属期刊栏目：19

分类号：TP39(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家教育部博士点基金资助项目20113108120022;上海市科委重点资助项目11510500300;上海市重点学科建设资助项目J50103

在线出版日期：2013-04-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：21-25