基于序列剖面和可及表面积的蛋白质相互作用位点的预测

摘要：

蛋白质相互作用位点的预测对于突变设计和蛋白质相互作用网络的重构都是至关重要的.由于实验确定的蛋白质复合物和蛋白质配体复合物的结构依然相当少,预测蛋白质相互作用位点的计算方法就显得十分重要.该文提出了一种以支持向量机为分类器,以邻近残基的序列剖面和可及表面积为输入数据来预测蛋白质相互作用位点的方法.计算结果显示,界面残基和非界面残基被识别的准确率为75.12%,假阳性率为28.04%.与输入数据仅有序列剖面的方法相比,界面残基和非界面残基被识别的准确率提高了4.34%,假阳性率降低了4.63%.

关键词：蛋白质相互作用位点、支持向量机、剖面、可及表面积

所属期刊栏目：12

分类号：O224(运筹学)

资助基金：国家重点基础研究发展计划973计划001CB510205

在线出版日期：2007-01-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：593-598