应用于蛋白质折叠模拟的三种新蒙特卡罗方法的比较

摘要：

新蒙特卡罗方法是一类随机算法的统称.这类算法已被应用于蛋白质折叠的模拟计算,并取得了较好的结果.该文将并行回火与遗传算法的混合算法、群体模拟退火方法以及群体模拟退火方法与遗传算法的混合算法这3种改进的蒙特卡罗方法应用到蛋白质折叠模拟计算,并就二维网格模型比较了这3种方法搜索最小能量构象的能力以及计算了得到最小能量构象所花费的时间.计算机模拟计算的结果表明,3种方法对于短序列蛋白质折叠结构的预测都较为有效,而群体模拟退火方法与遗传算法的混合算法则比其它两种算法所花费的计算时间要少,也就更为有效.

关键词：并行回火与遗传算法的混合算法、群体模拟退火方法、群体模拟退火方法与遗传算法的混合算法、二维网格

所属期刊栏目：10

分类号：O224(运筹学)

资助基金：国家高技术研究发展计划863计划2002AA234021

在线出版日期：2004-12-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：526-531,536