谷子bZIP转录因子家族的全基因组鉴定与生物信息学分析

摘要：

谷子是我国重要的杂粮作物之一,其籽粒营养价值高、可药用,茎秆可以作为饲料.bZIP基因家族是植物中家族成员数量最多的转录因子家族之一,其调节包括病原防御、光反应和胁迫信号、种子成熟和花发育等过程.利用谷子的全基因组数据库,通过多种生物信息软件及在线网站对谷子bZIP转录因子家族进行全基因组鉴定,并分析其系统进化、基因结构、蛋白质理化性质、保守基序、启动子顺式作用元件和表达量情况.结果 表明,谷子bZIP转录因子家族共有85个基因;亲缘关系较近的谷子bZIP基因的基因结构较为相似;所有bZIP转录因子蛋白质都有模体motif1,motif1在蛋白质序列中最为保守,其中的碱性氨基酸R以及L最保守;bZIP转录因子家族基因的启动子顺式作用元件种类较多,包括ABRE、ARE、CAT-box、G-box等元件,其参与调控胁迫响应、生长发育等过程.基因表达分析结果表明,亲缘关系较近的家族成员具有相似的表达特异性,Sib ZIP转录因子在根、花和叶片中均有成员表达;Sib ZIP11、Sib ZIP12和Sib ZIP72等在干旱处理的根中表达量较高.谷子bZIP转录因子家族分析结果可为进一步研究谷子bZIP基因功能和分子机制奠定理论基础.

关键词：谷子、bZIP、转录因子、基因家族、生物信息学

所属期刊栏目：48

分类号：S515(禾谷类作物)

资助基金：国家重点研发计划项目;国家自然科学基金项目;山西农业大学科技创新基金项目

在线出版日期：2020-10-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：1361-1370,1430