基于GEO和TCGA数据库的结直肠癌多基因预后预测模型构建与评价

摘要：

目的 探讨基于GEO和TCGA数据库中9个结直肠癌(CRC)预后相关基因所构建的预测模型对CRC预后的预测效能.方法 收集接受腹腔镜CRC根治术的患者350例,记录患者临床病理资料,实时荧光定量PCR法检测患者CRC组织中基于GEO和TCGA数据库筛选出的9个CRC预后相关基因(CLK1、SLC2A3、LIPG、EPHB2、ATOH1、PLCB4、GZMB、CKMT2和CXCL11)表达.术后随访12个月,根据是否出现肿瘤复发或癌因性死亡,将患者判定为有疾病进展或无进展.对比有进展及无进展患者各基因表达,使用多因素Cox回归方程分析影响CRC患者疾病进展的相关因素;使用R软件ggrisk包构建CRC患者多基因预后预测模型,采用受试者工作特征曲线(ROC)评估预后预测模型的预测效能.结果 术后随访12个月,350例CRC患者中260例未出现疾病进展,90例出现疾病进展,总进展率为25.71%.出现疾病进展患者CRC组织LIPG、EPHB2、ATOH1、PLCB4、GZMB、CKMT2和CXCL11表达低于无进展患者,CLK1、SLC2A3表达水平高于无进展患者(P均<0.05).多因素Cox回归分析显示,CLK1、SLC2A3、LIPG、EPHB2、ATOH1、PLCB4、GZMB、CKMT2及CXCL11基因均为CRC患者预后的独立影响因素(P均<0.05).基于Cox回归构建的多基因风险预测模型显示,风险评分=5/{1+EXP[CLK1×1.438+SLC2A3×7.323+EPHB2×(-0.451)+ATOH1×(-26.724)+PLCB4×(-0.374)+CKMT2×(-7.910)+LIPG×(-0.500)+GZMB×(-2.621)+CXCL11×(-1.507)+17.967)]},风险评分为-0.22时为最佳截点.ROC曲线分析显示,预测模型预测CRC患者不良预后的曲线下面积(AUC)为0.978、敏感度为94.44%、特异度为89.62%.结论 根据GEO和TCGA数据库中9个CRC预后相关基因成功构建了CRC预后预测模型,该模型对CRC患者预后的预测能力较好.

关键词：生物信息学、预后模型、GEO数据库、TCGA数据库、结直肠癌

所属期刊栏目：63

分类号：R735.3(肿瘤学)

资助基金：河北省医学科学研究课题项目20220589

在线出版日期：2023-07-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：64-67