基于生物信息学分析m6A相关lncRNA与胶质母细胞瘤患者预后的关系

摘要：

目的 探讨6-甲基腺嘌呤(m6A)相关长链非编码RNA(lncRNA)与胶质母细胞瘤(GBM)预后的关系.方法 从癌症基因组图谱数据库及基因型-组织表达公共数据库分别下载160例GBM组织和90例正常脑组织的转录组数据及临床数据,进行生物信息学分析.采用Pearson相关分析和单因素Cox回归分析筛选GBM预后相关的m6A相关lncRNA,使用R语言分析GBM组织和正常脑组织中差异表达的m6A相关lncRNA,利用LASSO分析进一步筛选关键lncRNA构建预后模型,受试者工作特征曲线分析模型对GBM预后的预测效能,用实时定量聚合酶链反应验证GBM样本中m6A相关lncRNA表达.将160例GBM患者按1∶1随机分为训练队列和测试队列,根据预后模型计算风险评分,按中位风险评分将两个队列患者分别分为高风险组和低风险组;对训练队列高、低风险患者的转录表达谱进行基因富集分析;分析预后模型与干细胞相似性指数、GBM分子亚型的相关性.结果 共确定了10个关键lncRNA(AC073332.1、AC092171.2、DLEU1、AC126407.1、AC093388.1、AC124248.1、AC078883.1、AC008537.2、AC131235.2、SOX21-AS1)用于构建预后预测模型.训练队列高风险组总生存期低于低风险组(HR=5.64,95%CI:2.31～10.63,P＜0.01),测试队列高风险组总生存期低于低风险组(HR=5.89,95%CI:2.67～12.34,P＜0.01).训练队列预后模型预测患者1、2、3年累积生存率的曲线下面积分别为0.767、0.832、0.837,测试队列预后模型预测患者1、2、3年累积生存率的曲线下面积分别为0.660、0.647、0.800.多因素Cox回归分析证明风险评分是GBM预后的独立因素(训练队列:HR=10.222,95%CI:4.141～25.237,P＜0.01;测试队列:HR=8.277,95%CI:2.349～29.173,P＜0.05).富集分析结果显示,趋化因子信号通路、补体和凝血通路及细胞因子-细胞因子受体相互作用通路在高风险组中显著富集,而细胞周期通路在低风险组中显著富集.风险评分与干细胞相似性指数呈正相关(r=0.642,P＜0.01).低风险组前神经元型、IDH1突变表型高于高风险组(P均＜0.05),高风险组间质型、IDH1野生型亚型高于低风险组(P均＜0.05).结论 基于m6A相关lncRNA构建的预后模型可准确预测GBM预后,预后预测模型的危险因子评分与干细胞相似性指数及GBM分子亚型有关.

关键词：胶质母细胞瘤、6-甲基腺嘌呤、长链非编码RNA、预后模型

所属期刊栏目：63

分类号：R739.41(肿瘤学)

资助基金：江苏省卫生健康委医学科研立项项目JH19082

在线出版日期：2023-07-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：31-35