甲状腺乳头状癌脑转移差异表达基因生物学功能分析及关键调控基因筛选

摘要：

目的 采用生物信息学方法分析甲状腺乳头状癌(PTC)脑转移差异表达基因的生物学功能,并筛选PTC脑转移的关键调控基因.方法 从GEO数据库获取基因芯片GSE66463,利用GEO2R中GEOquery、limma包筛选PTC脑转移灶癌组织差异表达基因,对差异表达基因进行基因本体论(Gene Ontology,GO)功能注释,利用京都基因和基因组数据库对差异表达基因的信号通路进行富集分析.通过String数据库构建差异表达基因的蛋白互作网络,筛选可能参与PTC脑转移的关键调控基因,分别基于GEPIA数据库、人类蛋白质表达图谱数据库数据分析PTC脑转移关键调控基因及蛋白与PTC患者预后的关系.结果 PTC脑转移灶癌组织中共183个差异表达基因,其中表达上调82个、下调101个.PTC脑转移灶癌组织差异表达基因生物学功能主要有金属离子动态平衡、小分子转运及分子细胞间黏附等,信号通路主要集中在风湿性炎症信号通路、NF-kB信号通路及IL17信号通路等.β-1,3-N-乙酰氨基葡萄糖氨基转移酶(B3GNT7)、丝氨酸/苏氨酸激酶(BUB1)、细胞分裂周期蛋白20(CDC20)、集落刺激因子2(CSF2)、趋化因子CXC配体2、白细胞介素1α(IL1α)、IL1β、骨诱导因子、骨调蛋白、脯氨酸/精氨酸丰富端亮氨酸丰富重复蛋白可能是参与PTC脑转移的关键调控基因.与B3GNT7低表达者比较,B3GNT7基因及蛋白高表达的PTC患者预后较好(P均<0.05).结论 PTC脑转移的差异表达基因的生物学功能主要有金属离子动态平衡、小分子转运及分子细胞间黏附等.PTC脑转移的关键调控基因主要有B3GNT7、BUB1及CDC20等.

关键词：脑转移瘤、甲状腺癌转移灶、甲状腺乳头状癌、β-1、3-N-乙酰氨基葡萄糖氨基转移酶

所属期刊栏目：62

分类号：R653(外科学各论)

资助基金：陕西省自然科学基础研究计划项目;西安交通大学基本科研业务费自由探索与创新-教师类项目

在线出版日期：2022-11-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：25-29