基于生物信息学方法对胰腺癌发生发展关键基因的筛选

摘要：

目的 采用生物信息学方法筛选胰腺癌发生发展的关键基因并进行验证.方法 从基因表达数据库(GEO)中选择并下载胰腺癌及癌旁组织基因芯片GSE71989、GSE62165、GSE19650,通过GEO2R在线工具筛选基因芯片中胰腺癌与癌旁组织的差异表达基因,使用Venn图分析3个基因芯片共有的差异表达基因;使用STRING网站及Cytscape软件对差异表达基因进行蛋白—蛋白相互作用(PPI)网络分析,筛选出核心差异表达基因;将核心差异表达基因在基因表达谱数据动态分析网页工具(GEPIA)进行生存分析,筛选出与预后相关的差异表达基因;将与预后相关的差异表达基因用GEPIA网站进行表达量分析验证,筛选出胰腺癌发生发展的关键基因.结果 从3个基因芯片中筛选出156个差异表达基因,其中上调差异表达基因62个,下调差异表达基因94个.对共3个基因芯片共有的差异表达基因进行STRING网站PPI绘制及Cytoscape软件核心网络分析后,筛选出19个核心差异表达基因.使用GEPIA在线网站对核心差异表达基因进行生存分析及表达验证,筛选出6个核心差异表达基因,即ANLN、CDK1、ECT2、NUSAP1、RRM2、TOP2A,这6个基因均与胰腺癌预后相关,且在胰腺癌组织中的表达均高于癌旁组织(P均<0.05).结论 使用生物信息学的方法发现6个基因可能是胰腺癌癌发生发展中的关键基因,可为胰腺癌的发生机制的研究以及诊断、治疗提供参考.

关键词：胰腺肿瘤、生物信息学、差异表达基因

所属期刊栏目：62

分类号：R735.9(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金;四川省医学科研课题;川北医学院附属医院科研课题项目

在线出版日期：2022-10-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：17-20