CpG位点选择对焦磷酸测序法检测肝癌SMP30启动子甲基化的影响

摘要：

目的 选择适宜的CpG位点用于焦磷酸测序法检测肝癌衰老标记蛋白30 (SMP30)启动子甲基化.方法 提取人肝癌细胞系SMCC-7721和BEL-7404的基因组DNA,设计针对SMP30基因序列1和序列2的扩增和测序引物,焦磷酸测序法检测SMP30基因序列1和序列2中的CpG位点甲基化程度,并用Sanger测序法验证序列2中出现的SNP位点.结果 SMCC-7721和BEL-7404细胞系中,SMP30基因序列1中6个CpG位点低甲基化,与SMP30基因低表达不符,且测序结果质量评估均为失败.SMP30基因序列2中6个CpG位点高甲基化,与SMP30基因低表达相符,前2个CpG位点均为通过,而后4个CpG位点均为失败.去除第5和第6个CpG位点,只检测SMt30基因序列2中poly(T)结构前4个CpG位点,SMCC-7721细胞系中甲基化程度分别为100％、90％、100％和80％;BEL-7404细胞系中甲基化程度分别为100％、92％、100％和77％.除第3个CpG位点为失败,其余C心位点均为通过.Sanger测序显示SMCC-7721和BEL-7404细胞系在第3个CpG位点前存在SNP位点,且均为A.结论 焦磷酸测序时选择靠近基因转录起始点上游且在poly (T)结构之前的CpG位点,测得的SMP30启动子甲基化值较准确.

关键词：肝癌、衰老标记蛋白30、甲基化、焦磷酸测序

所属期刊栏目：57

分类号：R735.7(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金委员会资助项目81460432

在线出版日期：2017-05-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：1-4