海马钙素类1在原发性中枢神经系统淋巴瘤中表达和临床预后的生物信息学分析

摘要：

目的 基于生物信息学分析原发性中枢神经系统淋巴瘤(primary central nervous system lymphoma,PCNSL)中海马钙素类 1(hippocalcin like 1,HPCAL1)的表达水平及临床意义,进而推断HPCAL1 在PCNSL中的作用.方法 通过基因表达数据库(Gene Expression Omnibus database,GEO)GSE25297 数据集下载7 例PCNSL组织和7 例正常脑组织的表达数据和临床信息,绘制HPCAL1 表达水平诊断价值的受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC);从GSE34771 数据集中下载 34例PCNSL患者的表达数据及临床信息,并以HPCAL1 表达量的中位值分为高低表达两组,绘制高低表达组的生存曲线、HPCAL1表达量及临床信息的多因素预后分析、高低表达两组差异表达基因的火山图以及热图、差异表达基因的基因本体(Gene Ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析以及前20 个上下调差异基因的蛋白互作网络(protein-protein interaction networks,PPI)分析.结果 HPCAL1 的表达量是独立预后因素且可以作为是否患病的依据;与HPCAL1 低表达组相比,高表达组的总生存期更长;通过GO分析可知,差异基因主要集中于维持细胞稳态、促进细胞分化、抑制细胞无限增殖和迁移、抑制神经突触的传递等分子功能上;通过KEGG通路分析可知,差异基因主要集中于细胞因子与细胞因子受体互动、溶酶体、吞噬体、炎症相关等免疫相关通路和Rap1 信号通路、细胞外基质受体相互作用、代谢通路等功能相关通路上.结论 与HPCAL1 低表达组相比,高表达组预后较好.可以根据HPCAL1 的表达水平,对PCNSL患者进行干预,有必要将HPCAL1 基因作为PCNSL的候选生物标志物.

关键词：海马钙素类1、原发性中枢神经系统淋巴瘤、生物标志物

所属期刊栏目：44

分类号：R739.4(肿瘤学)

在线出版日期：2023-11-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：724-732