牛卵巢膜细胞和大黄体细胞差异表达基因的筛选

摘要：

为探索牛卵巢膜细胞(TCs)和大黄体细胞(LLCs)的差异表达基因并揭示其中潜在的生理关系,从NCBI中GEO(GENE EXPRESSION OMNIBUS)数据库中获取GSE83524芯片数据,并利用R软件limma包中的DESeq2进行数据分析,以筛选出TCs和卵巢黄体中LLCs之间的差异性表达基因;使用DAVID软件对上述所获得的差异性表达基因分别进行GO功能富集分析和KEGG信号通路分析;利用String数据库和Cytoscape软件构建了差异表达基因之间的蛋白互作网络(PPI),并通过Cyto-Hubba插件中的MCC算法筛选出连通度最大的前10位的关键基因,结合数据库查找出卵泡发育相关的候选基因.结果显示,经DESeq2分析后,共获得差异性表达基因228个(上调基因143个,下调基因85个);GO功能富集分析结果显示,富集到生物学过程、细胞组分及分子功能的差异表达基因分别占比33.8％、55.7％和10.5％;KEGG信号通路分析共获得18条信号通路,其中,HTLV-I感染通路中基因富集最多(16个);PPI网络互作分析并筛选出了连通度最大的前10位的关键基因;进一步通过数据库查找发现PRLR、COL1A1、INHA、GREB1和CYP19A1分别在卵泡发育过程中发挥着重要的作用.本研究结果为进一步探究卵泡膜细胞黄体化以及牛卵泡发育的分子机制奠定基础.

关键词：牛、细胞、基因表达

所属期刊栏目：53

分类号：S823(家畜)

资助基金：国家自然科学基金;湖南省自然科学基金项目;湖南农业大学双一流建设项目

在线出版日期：2023-01-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：900-905