基于GEO数据库分析番茄干旱胁迫关键基因与信号通路

摘要：

为研究干旱胁迫对番茄生长的影响,本研究利用生物信息学分析方法筛选番茄干旱胁迫的关键基因,通过检索GEO数据库中关于番茄干旱胁迫的基因芯片数据,获取GSE39894和GSE106317两个数据集矩阵数据,利用GEO2R分析工具进行差异表达基因筛选,应用DAVID在线数据库对差异表达基因进行GO功能分析和KEEG通路富集分析,运用STRING数据库和Cystoscopes软件构建差异表达基因的蛋白互作网络,并使用MCODE及Cytohubba插件筛选出参与干旱胁迫的最显著模块及关键基因.本实验筛选出1583个差异表达基因,其中748个上调基因,835个下调基因,GO功能分析和KEEG通路富集分析表明,这些差异基因在代谢通路、次生代谢产物的生物合成、植物激素信号转导、苯丙烷生物合成等方面显著富集,蛋白互作网络分析筛选出K4C9D8_SOLLC、K4B0Q1_SOLLC、CB13_SOLLC、PSBP_SOLLC、K4BCF4_SOLLC等10个关键基因,这些差异表达基因很可能是番茄干旱胁迫潜在的生物标志物.

关键词：GEO数据库、番茄、干旱胁迫、生物信息学

所属期刊栏目：53

分类号：S641.2

资助基金：贵州省科技计划项目;国家自然科学基金;贵州省基层农技推广体系改革与建设补助项目;贵州省蔬菜现代农业产业技术体系项目;贵州省农科院资源专项;贵阳市蔬菜种质资源研究中心建设项目

在线出版日期：2022-08-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：355-361