香榧转录组测序及生物信息学基础分析

摘要：

香榧具有重要的经济价值，但其基因组信息相对匮乏，限制了其分子生物学和基因功能的研究。本文以不同组织的香榧作为研究对象，采用新一代高通量测序技术平台Illumina HiSeq?2000对香榧转录组进行测序和数据分析，共得到37,349,086个reads片段，总碱基数为4.35 G。利用组装软件，对获得的高质量序列进行组装，共得到104,636个Unigene，平均长度为784 nt，N50为1,702。将Unigene序列与公共数据库进行比对，28,766个Unigenes获得了注释。其中26,856个Unigene在NR蛋白数据库中获得注释，24,003个Unigenes在NT数据库中获得注释，21,401个Unigene在Swiss-Prot蛋白数据库中获得注释，16,137个Unigene在COG数据库中获得注释，11,410个Unigene在GO数据库中获得注释。根据KEGG注释信息，18,564个Unigene被划分到256个代谢途径中。SSR位点搜索发现，在4,217个Unigene中含有4,706个SSR位点。分析所获得的转录组数据，将为香榧功能基因的克隆，基因的表达，指纹图谱构建和分子标记辅助选育奠定基础。

关键词：香榧、转录组、高通量测序、SSR

分类号：Q37;S791.53(植物遗传学)

资助基金：宁波市科技局农业重大专项项目2014C11006;宁波市自然科学基金2015A610267

在线出版日期：2016-04-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：19-24