基于TF-mRNA调控网络识别消化道癌症共享功能模块

摘要：

目的:分析消化道癌症共享的功能模块及构建TF-mRNA调控网络并探究转录因子在消化道癌症中起到的重要作用.方法:对来自TCGA中消化道癌症RNAseq数据,差异分析应用DESeq2软件包进行分析,以|logFC|>1.5和P<0.05作为阈值筛选差异基因并选取共同差异表达的基因,并利用clusterProfiler软件包对共享差异基因功能富集分析及通路分析.通过STRING数据库获取蛋白互作信息,采用Cytoscape软件里的MCODE插件进行蛋白互作网络模块分解,并在igraph软件包进行模块子网的可视化,最终借助TRRUST数据库构建TF-mRNA调控关系网络.结果:本文识别741共享差异基因,发现重要的共享功能有肌肉收缩、肌肉系统过程、细胞外基质的组织、构建细胞外结构,并识别到重要的转录因子AR,CBX7,ETV4,WT1,PAX2及基因CDC6,NCAM1,AGTR1,MMP1,COL1A1.结论:AR,CBX7,ETV4,HOXC6及CDC6,AGTR1,MMP1,COL1A1是消化道癌症中重要的转录因子及基因.

关键词：消化道癌症;TF-mRNA调控网络;共享功能模块

所属期刊栏目：35

分类号：R735(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金81373085

在线出版日期：2022-03-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：102-110