基于生物信息学分析慢性阻塞性肺疾病的关键基因及其与免疫浸润的关系

摘要：

目的 通过生物信息学分析慢性阻塞性肺疾病(COPD)的关键基因,以及关键基因表达与COPD肺组织免疫浸润的关系.方法 从GEO数据库下载基因芯片数据集GSE47460.使用R语言筛选正常组及COPD组样本并利用limma包鉴定差异表达基因(DEGs),使用ClusterProfiler包对DEGs进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析.利用String数据库及Cytoscape软件对DEGs构建蛋白互作网络(PPI)并筛选关键基因.分析关键基因在正常组与COPD组以及在COPD组内不同严重程度的差异表达.绘制受试者工作特征曲线(ROC)评估关键基因对COPD不同严重程度的诊断性能.应用单样本基因富集分析(ssGSEA)评估关键基因表达与COPD肺组织免疫浸润的关系.结果 筛选出DEGs 75个,上调基因47个[矫正后P<0.05及log 2(差异倍数)≥0.5],下调基因28个[矫正后P<0.05及log 2(差异倍数)≤-0.5].鉴定了3个在COPD组高表达且与COPD严重程度呈正相关的关键基因,分别是CD19、TNFRSF13B、POU2AF1.免疫浸润分析结果表明,COPD肺组织TNFRSF13B高表达组的免疫浸润程度更高.结论 通过生物信息学分析方法,筛选得到TNFRSF13B为COPD发病机制中的关键基因,且与COPD严重程度及肺组织免疫浸润密切相关,为COPD发病机制的研究提供一定的参考.

关键词：慢性阻塞性肺疾病、关键基因、免疫浸润、生物信息学

所属期刊栏目：44

分类号：R563.9(呼吸系及胸部疾病)

资助基金：国家自然科学基金;泸州-医科大应用基础研究项目

在线出版日期：2023-06-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：337-342