利用GoldenGate分析的高通量SNP芯片对鲤基因进行分型

摘要：

单核苷酸多态性(SNPs)标记在大多数物种基因组中数量巨大且分布均匀,是许多水产物种遗传研究的理想标记,因此快速发展了几种高通量、快速的SNP标记分型平台.本研究利用GoldenGate分析技术对鲤Cyprinus carpio转录组测序的1 536个SNP标记合成了一张中等密度SNP芯片,对5个鲤群体的480份样本进行基因分型.结果表明:1 235个SNP标记成功分型,约占80％;915个标记至少在一个家系中呈现多态性,占74.1％;标记最小等位基因频率(MAF)介于0.05～0.5之间,平均为0.334,其中48.9％的标记最小等位基因频率(MAF)大于平均值;5个群体中SNP标记平均多态性信息含量(PIC)在0.3左右,为中度多态,杂合度为0.010～0.990,平均为0.5左右,暗示群体具有丰富的遗传多态性,育种价值及性状改良潜力很大.本研究分型的多态性SNP标记可广泛应用于遗传多样性研究、标记-性状关联分析以及分子标记辅助育种.

关键词：单核苷酸多态(SNP)、鲤、遗传多样性、GoldenGate分析、高通量

所属期刊栏目：29

分类号：S917(水产基础科学)

资助基金：中国水产科学研究院基本业务费重点项目2016ZD0301;农业部“948”计划项目2016-X15

在线出版日期：2017-02-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：19-25