长牡蛎17个fosmid-SSR标记的开发与分析

摘要：

研究所用序列由长牡蛎fosmid文库末端测序获得.首先用TRF程序扫描序列获得一批重复单元为2碱基的候选SSR位点,然后在部分SSR序列两侧的保守区设计50对引物,对取自山东青岛的一个长牡蛎野生群体进行基因型分析.结果显示,共有17个SSR位点显示多态性,等位基因数(Na)平均为4,有效等位基因数(Ne)平均为2.82,平均杂合度观测值(Ho)和期望值(He)分别为0.395 9和0.628 8.其中,11个位点的多态信息含量(PIC)值均大于0.5,共有49个等位基因,适合对长牡蛎群体遗传结构的分析；6个位点0.25＜PIC ＜0.5,为中度多态位点.x2检验估计Hardy-Weinberg平衡,经Sequential Bonferroni校正后,除DEC_1以外,其他位点仍偏离平衡.将SSR附近10 000 bp内基因组预测的编码蛋白通过与NCBI的nr库blastp分析,共有13条微卫星序列获得连锁的相关基因功能注释.

关键词：长牡蛎、简单重复序列、基因组、遗传多样性

所属期刊栏目：35

分类号：Q786;S917.4(基因工程（遗传工程）)

资助基金：国家重点基础研究发展计划（973计划）;国家自然科学基金;公益性行业农业科研专项

在线出版日期：2012-03-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：1463-1468