新型冠状病毒奥密克戎变异株无症状感染者新冠病毒全基因组测序分析

摘要：

目的:了解贵阳市 2022 年 9 月新型冠状病毒奥密克戎变异株引起的本土疫情中,无症状感染者新型冠状病毒(Sever acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)的基因组特征.方法:采用新型冠状病毒全基因组靶向扩增结合Illumina二代测序技术,对 2022 年 9 月贵阳市本土疫情中的 6 例无症状感染者的新型冠状病毒核酸样本进行全基因组测序,采用 Nextclade和Pangolin平台判定病毒谱系及型别,分析病毒的变异特征.结果:成功从 6 例新型冠状病毒无症状感染者样本中获得新型冠状病毒全基因组序列,Nextclade分型结果显示这些序列均属于21L型(Omicron),Pangolin分型结果显示均属于BA.2.76.与新型冠状病毒武汉株(NC_045512.2)相比,感染者1、4有76个核苷酸突变位点,感染者2、5有78个核苷酸突变位点,感染者 3、6 有 77 个核苷酸突变位点,突变主要集中在S区(刺突蛋白区).6 条序列的氨基酸变异位点为分别为56、57个.结论:贵阳市持续开展新型冠状病毒全基因组测序,可及时监测和发现新型冠状病毒变异株,为今后我市新冠疫情精准溯源、风险研判与预警、毒株变异研究等方面提供关键数据支撑.

关键词：新型冠状病毒、奥密克戎变异株、全基因组测序

所属期刊栏目：45

分类号：S855.3;R563.1;R373.1

资助基金：贵阳市科技计划项目2020-16-4

在线出版日期：2023-08-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：1129-1132