川中黑山羊基因组近交系数和选择信号分析

摘要：

[目的]旨在利用高密度SNPs评估川中黑山羊的近交水平并鉴定选择信号.[方法]基于41个川中黑山羊全基因组重测序数据筛选全基因组SNPs,分析连锁不平衡、估计有效群体大小并检测长纯合片段(runs of homozygosity,ROH).使用5种方法(FROH、FUNI、FHOM、FVR1和FVR2)估计个体基因组近交系数并进行比较.采用ROH岛、iHH12和XP-EHH 3种方法,鉴定川中黑山羊中正选择基因.[结果]连锁不平衡分析表明,SNPs之间的物理距离为10 bp时r2为0.51,当此距离增加到1000 bp时r2为0.2.在999世代前川中黑山羊有效群体大小为5696只,而13世代前则降低到190只.基于ROH,川中黑山羊群体的近交主要发生在250～500世代(FROH 0.1-0.2 Mb)和100～250世代(FROH 0.2–0.5 Mb).另外,FROH与FUNI和FHOM估计值呈现显著正相关,而FUNI与FVR1的相关性最高(r=0.983).在鉴定的67个正选择基因中,NCAPG和LCORL在川中黑山羊群体中受到强烈的选择,这两个基因中共存在4个错义突变和2个移码突变.[结论]研究结果为川中黑山羊的遗传改良提供了参考,鉴定到的正选择基因可进一步应用于川中黑山羊的标记辅助选择.

关键词：山羊、全基因组重测序、基因组近交系数、选择信号

所属期刊栏目：40

分类号：S827(家畜)

资助基金：国家重点研发计划;四川省科技计划项目

在线出版日期：2022-11-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：656-663