澜沧裂腹鱼4个地理群体遗传多样性分析

摘要：

利用简化基因组测序(SLAF-seq)的方法对澜沧江中上游4个地理群体的40尾澜沧裂腹鱼野生样本进行遗传多样性分析,旨在为澜沧裂腹鱼种质资源的保护提供参考.结果显示,平均测序深度29.36X,得到467.67 Mb读长,测序Q30碱基含量平均为94.88％,GC含量平均为40.32％,获得498 199个特异位点扩增片段(SLAF)标签,其中多态性SLAF标签共213 644个,得到736 515个群体单核苷酸多态性(SNP).遗传分析结果显示:在黄登—大华桥、里底、乌弄龙和苗尾—功果桥4个地理群体中,观测等位基因数和期望等位基因数分别为1.90～1.97和1.36～1.57;观测杂合度和期望杂合度的分布分别为0.16～0.50和0.21～0.33;根井正利基因多样性指数和香农—维纳指数分别为0.25～0.34和0.32～0.50;多态信息含量依次为0.2655、0.2499、0.2463、0.1709,处于中低等多态水平;最小等位基因频率依次为0.2653、0.2579、0.2561、0.2724;所有遗传多样性指数中,以黄登—大华桥群体最大且群体间差异显著(P＜0.05);群体间变异占2.91％,群体内变异占97.09％,说明变异多发生在群体内;群体间遗传距离为0.0323～0.2588,遗传分化指数为-0.019～0.0817(P＞0.05);系统进化树显示,4个地理群体出现交叉聚类的现象.综上,4个地理群体的遗传多样性水平中等,遗传距离与聚类结果和实际情况相符,濒危的原因可能是过度人为干扰,建议澜沧江中上游流域应当加大云南土著鱼类资源监控,加强人工增殖放流的质量和力度.

关键词：澜沧裂腹鱼、简化基因组测序技术、简化基因组、遗传多样性

所属期刊栏目：41

分类号：Q959.4(动物学)

资助基金：国家农业基础性科技创新条件能力项目;云南澜沧江鱼类增殖放流效果监测及评估项目

在线出版日期：2022-10-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：851-859