一种预测判断蛋白质DNA相互作用位点的新方法

摘要：

蛋白质-DNA相互作用位点在各类生理生化反应中扮演重要角色.本论文旨在构建一种可以准确预测"相互作用位点"的方法:PdDNA,其内容主要包括支持向量机和序列匹配器.支持向量机通过提取相互作用位点中心残基的特征进行训练并分类,序列匹配器则通过蛋白质特征矩阵(PSSM)对氨基酸序列进行相关性评估,对二者结果进行归一化整合,得到最终的预测结果.利用公开数据集PDNA_62,我们的PdDNA预测准确率为86.87％.为进一步验证PdDNA可靠性,我们还自建了PDNA_224数据集,其预测准确率为83.07％,处于较高水平.因此PdDNA是一种有效的"蛋白质-DNA相互作用位点"预测方法.

关键词：蛋白质-DNA相互作用位点预测、支持向量机、序列匹配算法

所属期刊栏目：57

分类号：Q811.4(生物工程学(生物技术))

资助基金：国家自然科学基金61001149

在线出版日期：2020-10-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1009-1014