HGA-COFFEE:多序列比对问题的混合遗传算法求解

摘要：

针对生物序列分析中的多序列比对问题,设计了一个求解多序列比对问题的混合遗传算法(与之相应的软件称为HGA-COFFEE),该算法采用COFFEE函数作为个体的适应度函数,构造了5种新的遗传算子,包括1种选择算子,2种交叉算子和2种变异算子,其中一种变异算子基于COFFEE的一致性信息设计,以改善算法的整体搜索能力; 另一种变异算子基于动态规划方法设计,以增强其局部搜索能力.最后,通过对BAliBASE中144个测试例的测试,证明该算法是有效的,与已有的算法相比,该算法对处于朦胧区和具有N/C末端延伸的序列比对问题有更强的问题求解能力.

关键词：生物信息学、多序列比对、混合遗传算法、动态规划

所属期刊栏目：37

分类号：TP301.6(计算技术、计算机技术)

在线出版日期：2005-08-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：109-114