胡椒瘟病生防菌Bacillus subtilis VD18R19全基因组测序及比较基因组学分析

摘要：

Bacillus subtilis VD18R19具有促进胡椒生长和防治胡椒瘟病的效果,全基因组测序是其分子机理研究和开发利用的重要基础.本研究采用第二代Illumina平台与第三代PacBio平台相结合的测序技术,对生防菌VD18R19进行全基因组测序,并进行比较基因组学分析.结果发现,VD18R19全基因组大小为4123380 bp,GC含量为43.80％,编码基因4245个;含有tRNA 85个、rRNA 30个、sRNA 33个;含有串联重复序列60个,其中小卫星DNA 43个、微卫星DNA 1个;共线性分析、core-pan基因分析及基因家族分析结果均显示VD18R19与模式菌株B.subtilis 168具有高度的同源性;antiSMASH软件预测及同源序列比对结果显示,VD18R19菌株中含有6个抑菌次生代谢产物合成基因簇,编码surfactin、plipastatin、bacillibactin、bacilysin、bacillaene、subtilosin A等抑菌物质,其合成途径涵盖了核糖体途径、非核糖体途径和聚酮合酶途径.本研究为深入研究生防菌VD18R19的分子机理奠定生物信息学基础,有利于生防菌株及其抑菌次生代谢产物的开发和利用.

关键词：枯草芽孢杆菌、全基因组测序、比较基因组学、抑菌物质、基因簇

所属期刊栏目：39

分类号：S435.73(病虫害及其防治)

资助基金：国家自然科学基金青年科学基金31501690;中国热带农业科学院基本科研业务费专项资金1630142018015

在线出版日期：2019-01-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：2021-2027