可可泛素结合酶基因家族的生物信息学初步分析

摘要：

泛素结合酶(E2s)促进底物泛素化或者与E3s链接,是靶蛋白泛素化的关键酶,在泛素-蛋白酶体途径中起重要作用.利用可可(Thcobroma cacao L.)全基因组测序数据,共鉴定出45个E2s基因家族成员,包括39个UBC和6个UEV基因.通过生物信息学方法,对可可E2s家族的基本理化性质、基因结构、二级结构预测、亚细胞定位、进化关系等方面进行初步分析.结果表明:可可E2s基因CDS长度在441(Tc UEV3)～3 651 bp(Tc UBC7)之间,对应的编码蛋白氨基酸数目在146(TcUEV3)～1 216 aa(TcUBC7)之间,编码蛋白分子量在16.39～134.71 ku之间.E2s基因外显子在1～11之间,多数基因外显子数目在5～7之间.E2s基因在10条染色体上均有分布,1号染色体为7个,数量最多;6号染色体2个基因,数量最少.可可E2s蛋白大多为不稳定蛋白,且均为亲水性蛋白,其二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主要构成元件.大多数可可E2s蛋白定位在细胞核,少数定位在内质网或者细胞质.进化树分析表明:可可E2s蛋白被分为20个亚家族,包括16个UBC亚家族和4个UEV亚家族,第Ⅵ亚家族E2s数目最多为9个;E2s家族蛋白在物种进化过程中具有高度保守性.

关键词：可可、泛素结合酶(E2s)、基因家族、生物信息学

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分类号：S571.3

资助基金：南亚热带作物资源保护与利用;国家自然科学基金31501818;中国热带农业科学院南亚热带作物研究所基本科研业务费专项1630062014010、1630062015003

在线出版日期：2016-11-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：1732-1740