1株罕见念珠状链杆菌分离株全基因组测序鉴定

摘要：

目的 应用全基因组测序方法,鉴定中山市1名发热及皮疹待查因的患者血液中分离的1株罕见菌株.方法 对1株罕见菌株进行传统微生物生化鉴定无果之后,提取细菌基因组DNA,并进行全基因测序,按照de novo的方式进行组装后,应用微生物基因组序列的平均核苷酸相似度(ANI)鉴定方法进行物种鉴定.结果 该株罕见菌用传统微生物方法不能鉴定,而用基于全基因组测序的微生物基因组序列的ANI鉴定方法,可准确地鉴定为念珠状链杆菌,该菌与Streptobacillus moniliformis DSM 12112的核苷酸相似度为99.68％.结论 基于全基因组测序的方法可用于罕见病原菌的快速鉴定.

关键词：念珠状链杆菌、全基因测序、平均核苷酸相似度

所属期刊栏目：21

分类号：R379.4(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：广东省医学科研基金A2017482

在线出版日期：2021-05-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：284-286,319