广东湛江地区啮齿动物携带版纳病毒系统发育分析

摘要：

目的 通过对广东湛江地区啮齿动物携带的版纳病毒进行系统发育分析,揭示版纳病毒这一人兽共患病原体的序列特征和遗传进化关系.方法 采用笼捕法捕捉啮齿动物,分别采集其肺脏、肝脏、脾脏和肠内容物,使用宏病毒组技术富集病毒颗粒建库测序,比对美国国立生物技术信息中心(NCBI)病毒数据库将注释所得版纳病毒重叠群(contigs)使用生物信息软件分析其与参考毒株基因组序列的覆盖率和相似度,并绘制特定目的片段的系统发育树.结果 在板齿鼠、褐家鼠、黄胸鼠、黄毛鼠、鼩鼱的肝脏、肺脏、脾脏、肠内容物样本中均注释到了大量版纳病毒序列(Reads),拼接所得的版纳病毒湛江株覆盖95.6％～100.0％的参考株(NC004211)基因组序列,与参考基因组序列相似性为90.4％～98.3％,基本确认拼接序列为版纳病毒的全长序列.版纳病毒湛江株VP1-VP12等12个基因片段与我国云南地区发现SC043株、YN12243株以较高置信值聚集成簇,亲缘关系较近.结论 版纳病毒在湛江地区野生小型兽类哺乳动物(啮齿动物、鼩鼱)中普遍携带,对类似虫媒病毒性脑炎症状患者要进行鉴别诊断,防范新发传染病.

关键词：啮齿动物、宏病毒组、版纳病毒、系统发育分析

所属期刊栏目：20

分类号：R372(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：国家科技重大专项;广东省重点领域研发计划项目;广东省科技计划项目

在线出版日期：2020-12-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1263-1266,1271