一株宋内志贺菌的分离鉴定及基因组分析

摘要：

目的 通过对口岸腹泻样本中分离到的志贺菌鉴定及全基因组的测序和分型研究,对志贺菌从致病性、抗药性及分子分型进行全面分析,建立入境腹泻病原体风险分析流程.方法 对细菌的选择性培养基进行初筛后,分离菌株通过全自动微生物鉴定仪及实时荧光PCR的方法进行鉴定.对分离菌株进行全基因组测序、组装、注释、进化分析,通过多位点序列分型(MLST)方法进行分型.结果 本次从口岸腹泻样本中成功分离到的志贺菌鉴定为宋内志贺菌,得到全长基因组4817693 bp,GC含量51.0％,注释了4811个编码基因.对基因组分析发现了4种耐药基因及多种志贺毒素基因,进化研究表明该菌株与宋内志贺菌Ss046同源性最高,通过MLST方法分型为ST152克隆群.结论 通过对志贺菌分离菌株鉴定及基因组学分析及分型,建立入境志贺菌分型溯源及风险分析流程,为口岸传染病疫情监控提供技术支撑.

关键词：志贺菌、分离鉴定、基因组

所属期刊栏目：19

分类号：R378.25(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：江西省重点研发计划项目20161BBG70238;上海市科委项目18495810900;江西省食品药品监督管理局科技计划项目2016SP01

在线出版日期：2019-08-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：949-953,后插1