1953-2016年基孔肯雅病毒的系统进化及蛋白质多样性分析

摘要：

目的 对1953-2016年基孔肯雅病毒的主要流行株进行分子进化特征和氨基酸位点变异情况分析,为防控基孔肯雅病毒的流行提供理论依据.方法 在NCBI数据库检索1953-2016年基孔肯雅流行株,按照暴发情况筛选代表性毒株35株,使用ScanProsite软件对基孔肯雅病毒蛋白的功能区域进行预测,用ClustalX和Mega 6.06生物软件对于筛选的35株代表株的核苷酸和氨基酸序列进行分析,构建种系进化树并分析氨基酸变异情况析.结果 进化树显示35株基孔肯雅病毒对应其3个基因型分支为3簇,分别对应基孔肯雅病毒的3个基因型:东/中/南非型(19株)、亚洲型(13株)和西非型(3株),各蛋白同源计分比值均为0.96以上.E2关键抗原表位(共19个氨基酸)也有变异,其中19株东/中/南非型毒株序列有1处位点(H18Q)发生替换,西非型毒株未发生变化,13株亚洲型毒株也显示有1处位点(N5H)变化.结论 基孔肯雅病毒进化较为保守,但在其重要功能区域出现一些位点的突变,关注其进化情况对于基孔肯雅防控工作有积极意义.

关键词：基孔肯雅病毒、同源计分比值、变异

所属期刊栏目：17

分类号：R511(传染病)

资助基金：国家自然科学基金81373050

在线出版日期：2017-03-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：148-151,160