华支睾吸虫Rab家族蛋白结构及演化的生物信息学分析

摘要：

目的：鉴定华支睾吸虫基因组中Rab家族基因并进行分类。方法使用MEGA5中的Muscle模块对秀丽线虫Rab进行多序列比对，以该比对结果作为查询，对华支睾吸虫蛋白数据库进行PSI－Blast搜索，使用ClustalW模块获得华支睾吸虫Rab蛋白家族序列，并根据比对结果定义Rab功能域（RabF1～RabF5）。使用MEGA5软件的邻接法建立华支睾吸虫Rab GTPases之间的系统进化树。再使用邻接法构建多物种Rab同源蛋白序列系统进化关系树。结果用PSI－Blast搜索华支睾吸虫基因组数据库，获得54个同源基因。这54个可能的Rab家族蛋白中有21个蛋白与参考序列的同源性超过50％。这些蛋白的编码基因由多个内含子和外显子组成，且序列长短不一，读码方向也不同。不同的Rab蛋白聚类形成多个Rab蛋白亚型，与Rab家族具有多种Rab蛋白种类相一致。结论华支睾吸虫Rab蛋白家族进化具有保守性，蛋白的分化与物种的分化相一致。

关键词：华支睾吸虫、Rab家族蛋白、生物信息学

所属期刊栏目：16

分类号：R383.22(医学寄生虫学)

资助基金：广东食品药品职业学院自然科学研究项目2014YZ009

在线出版日期：2016-12-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1358-1361,1367