基孔肯雅病毒深圳分离株的全序列分析

摘要：

目的 了解基孔肯雅病毒SZ_20101028株的全基因组分子遗传特征.方法 通过C6/36细胞从患者血清中分离得到CHIKV,针对病毒的基因组设计了6条特异性引物,对病毒的全基因组进行扩增,测序并通过生物信息学软件分析该病毒株的全基因组分子遗传特征.结果 病毒SZ_20101028株的全基因组核苷酸序列长度为12 377nt,含两个开放阅读框,编码3 722个氨基酸,两个编码区之间含有68 nt非编码连接区;发现该毒株与2010年引起东莞基孔肯雅热疫情暴发的病原体核苷酸的同源性达到了99％,进化树分析结果表明,SZ_20101028株与2010年引起东莞疫情暴发的病原体的亲缘性最高,并且和2004年引起印度洋地区疫情暴发流行的病原体同属于印度洋亚型.结论 深圳市首例输入性基孔肯雅病毒属于印度洋亚型,与2010年引起东莞疫情暴发的病原体的亲缘性最高.

关键词：基孔肯雅病毒、基孔肯雅热、系统发生树

所属期刊栏目：13

分类号：R373.9(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：广东省科技计划重点项目2011B0315007

在线出版日期：2014-01-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：1328-1330,封3