恙虫病东方体0t56蛋白序列生物信息学分析

摘要：

目的 分析恙虫病东方体Ot56蛋白序列中的变异区和保守区,为恙虫病的蛋白与核酸诊断提供参考.方法 从GenBank获取口标序列,用Lasergene、MEGA、Vector NTI suite、AthePort和NCBI Blast等工具进行分析.结果 120条Ot56氨基酸序列的相似性为61.4%～100.0%.变异度为0.0～57.1;氨基酸的105～171、179～215、248～285、375～428和447～503区域为高变异区;膜外区200～400具有变异度高、抗原性强的特性.113条Ot56 cDNA序列的相似性为41.8%～100.0%,变异度为0.0～116.1;其中303v481、562～667、756～842、1136～1243和1386～1568等5个区域属高变异区.而0～54、97～171、265～303、439～482、1015～1047和1477～1542为6个保守片段.结论 恙虫病东方体Ot56蛋白具有5个高变异区,第200～400位氨基酸附近可能是株(型)特异性表位所在区域,其重组蛋白具有潜在的株(型)鉴定价值.根据cDNA 6个保守片段设计引物,进行Ot56核酸检测可能在不同株(型)恙虫病东方体检测中具有较高的敏感性.

关键词：恙虫病东方体、Ot56蛋白、生物信息学

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分类号：R513.2(传染病)

资助基金：广东省公共卫生应急技术研究专项Nn2006833761002-5

在线出版日期：2008-11-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：775-778,787