基于重测序的不同生态型油梨的全基因组变异及进化分析

摘要：

为揭示不同生态型油梨间的差异,对4份不同生态型油梨进行全基因组重测序,平均测序深度为26×,平均覆盖度为89.39％.通过与参考基因组比对,4份不同生态型油梨平均杂合率为64.26％.除了西印度群岛生态型油梨品种Donnie的杂合率最低(为35.34％)外,剩下3份油梨品种的杂合率均超过70％.单核苷酸多态位点(SNP)数量为3854384～6290629个,小片段插入与缺失(Small InDel)总数为1432406～1707608个,这些突变导致了13864～18143个基因的变异.KEGG分析表明,淀粉和蔗糖的代谢通路在4份不同生态型油梨中均存在最多的变异基因.聚类分析表明,相对于西印度群岛生态型,危地马拉和墨西哥生态型油梨品种亲缘关系更近.研究结果在一定程度上反映了不同生态型油梨在基因组水平的差异,为分子标记辅助选择育种提供了科学依据.

关键词：油梨、生态型、全基因组重测序、单核苷酸多态位点、亲缘关系

所属期刊栏目：42

分类号：S667.9(果树园艺)

资助基金：国家自然科学基金;海南省自然科学基金高层次人才项目;云南农业大学高层次人才启动经费;云南省专家基层科研工作站

在线出版日期：2023-02-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：50-57