基于RNA-seq技术的北草蜥转录组中SSR位点信息分布

摘要：

北草蜥(Takydromus septentrionalis)是蜥蜴科草蜥属的一种爬行动物,为中国特有种,分布广泛.不同分布种群的北草蜥的体色存在差别.为了获得北草蜥皮肤组织内的简单序列重复(Simple sequence repeat,SSR)标记,以备后续对其不同生境中的体色进行差异性分析,基于转录组测序(RNAseq)组装了417190条转录本序列,合计全长479055094 bp.共识别到60968个SSR位点,含有SSR位点的转录本数目为56456条,占总转录本数目的 13.53％.其中:有1个以上的SSR位点的Unigenes有10644个,存在复合形式SSR位点的数量有4513个.在SSR位点中包含1～6个核苷酸重复的所有类型,不同核苷酸重复类型的含量差异较大.单核苷酸重复型有27028个(44.33％);2核苷酸重复型和3核苷酸重复型分别有17876个(29.31％)和13332个(21.87％);4～6核苷酸重复型含量极少,位点总数占比只有4.48％.其中:4核苷酸重复型有2580个(4.23％),5核苷酸重复型和6核苷酸重复型分别只有112个(0.18％)和40个(0.07％).从整体上看,在北草蜥转录组中,平均约7.86 kb出现1个SSR位点.

关键词：北草蜥;转录组;微卫星;筛选;皮肤

所属期刊栏目：28

分类号：Q3-3;Q953;Q958.1

资助基金：海南省两栖爬行动物研究重点实验室开放课题;海南省重点科技计划项目;三亚市院地科技合作项目

在线出版日期：2021-11-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：32-36