基于遗传算法与模拟退火算法在多重DNA序列比对中的应用研究

摘要：

序列比对是将蛋白质中的基因或氨基酸进行对齐的动作,目的是要找出两序列的相似程度,而多重序列比对则是同时比对多个DNA或蛋白质序列,找出此序列群组中最佳的比对结果.本研究结合遗传算法及模拟退火算法,先利用遗传算法优化种群的概念,随着世代演进逐渐产生近似最佳解,再利用模拟退火算法进行小区块内的比对修正.实验结果显示,利用遗传算法与模拟退火算法的结合,使得遗传算法在跳脱局部最佳解的时候能有更大空间移动,而且也让模拟退火算法能有效解决经由遗传算法初步比对之后所产生的不良区域.两种算法结合的序列比对结果比任何单一算法的结果好,因此可以提升整体比对效果,将来能够为生物学家在判断未知序列功能时提供适当的帮助.

关键词：序列比对、多重序列比对、遗传算法、模拟退火算法

所属期刊栏目：24

分类号：TP18(自动化基础理论)

资助基金：安徽省教育厅自然科学研究重点课题KJ2016A493;安徽省亳州市产业创新团队科研项目亳组[2015]20号-2;亳州职业技术学院院级课题BYK1511

在线出版日期：2017-05-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：64-69