基于ESTIMATE算法探究TCGA数据库免疫相关基因在乳腺癌中的预后价值

摘要：

目的 根据ESTIMATE算法探究TCGA数据库中免疫相关基因在乳腺癌中的预后价值.方法 从TCGA数据库获取606 例乳腺癌患者的临床信息和肿瘤样本的转录组数据,采用edgeR方法对转录组数据进行差异表达分析,通过ESTIMATE算法筛选出基于免疫分数或间质分数高低分组的差异表达基因;使用R软件绘制差异表达基因的聚类分析热图;使用韦恩图对基于免疫分数和间质分数得到的差异表达基因进行交集分析;运用STRING 数据库,搜索并预测表达显著差异基因编码蛋白质之间的相互作用;通过单因素Cox回归分析评估差异表达基因的预后作用;运用DAVID数据库对差异表达基因进行GO富集分析以及KEGG通路富集分析.结果 生存分析结果显示,高免疫分数组患者的总生存期中位值943 天,而低分组患者总生存期中位值 860 天,显著高分组患者总生存期显著高于低分组患者(P＜0.05);而间质分数与乳腺癌患者总生存期之间无差异(P＞0.05).进一步对免疫分数高分组和低分组患者表达上调的 951 个差异表达基因进行生存分析,发现 160 个基因与乳腺癌患者的总生存期显著相关;对上述160 个基因进行蛋白质互作分析,富集出与乳腺癌患者总生存率呈正相关的CTLA4、CD8A、CD19、CD27、CD2、IL2、GZMB、IL2RB、CD3E、CD40LG等基因.对上述160 个基因进行GO富集和KEGG通路分析,结果显示免疫功能相关信号通路T细胞受体信号通路、造血细胞系、T细胞活化等通路显著富集.结论 本研究发现 160 个具有预后价值的免疫分数相关基因,免疫分数与乳腺癌患者的总生存期、预后改善相关,将为乳腺癌预后判断和靶向治疗提供新的潜在靶点.

关键词：乳腺癌、TCGA数据库、ESTIMATE算法、预后

所属期刊栏目：44

分类号：R737.9(肿瘤学)

资助基金：齐齐哈尔医学科学院青年博士专项项目;中央支持地方高校发展改革资金人才培养支持计划项目

在线出版日期：2023-11-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：1401-1407