乳腺癌关键基因SDC1的临床预后意义及其与M1型巨噬细胞相关性分析

摘要：

目的 通过生物信息学方法分析乳腺癌(Breast cancer,BC)关键基因SDC1,并分析其与M1型巨噬细胞的相关性.方法 从GEO数据库下载3 组BC芯片GSE42568、GSE71053 和GSE8977 数据,筛选其差异表达基因(Differential Expression Genes,DGEs),并进行基因本体(Gene Ontology,GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Gene and Genome,KEGG)通路富集分析.利用STRING数据库和Cytoscape软件筛选DEGS中HUB基因.从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)下载BC的RNAseq数据和相关临床信息,利用R语言对HUB基因进行单因素和多因素COX回归分析、列线图绘制以及关键基因的免疫检查点分析和风险预后分析;通过UALCAN与GEPIA数据库验证HUB基因的表达和预后;利用TIMER及GEPIA2021 数据库进行关键基因与巨噬细胞相关性分析.结果 共得到197 个DEGs,其GO功能的生物学过程(BP)与细胞黏附、凋亡过程和细胞分化等有关,细胞成分(CC)主要富集在细胞外小体、细胞表面和染色质等位置,分子功能(MF)与锌离子结合、转录因子活性及整合素结合等相关,而KEGG通路主要富集在PI3K-Akt信号通路、黏着斑以及癌症中的蛋白聚糖等通路.通过逐步筛选得到BC的关键HUB基因SDC1,其在BC组织中高表达,且不利于患者预后.SDC1 与SIGLEC15、IDO1、CD274,HAVCR2、CTLA4 和PDCD1LG2 等免疫检查点基因显著正相关(P＜0.05),且也与巨噬细胞(r=0.189;P＜0.05)以及M1 型巨噬细胞(r=0.072;P＜0.05)显著相关,同时也与M1 型巨噬细胞标志物NOS2、CXCL10、IRF5、IL1A、IL1B、TLR2、TLR4、CD80 及CD86 等显著相关(P＜0.05).此外,高表达的M1型巨噬细胞显著利于BC患者的预后(P＜0.05).结论 SDC1 是BC的关键基因,并与M1 型巨噬细胞显著相关,可成为BC潜在的免疫治疗靶点.

关键词：乳腺癌、生物信息学、巨噬细胞、免疫分析

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分类号：R737.9(肿瘤学)

资助基金：安徽省教育厅自然科学研究重点项目;教育部卓越工程师教育培养计划项目产学合作协同育人项目;蚌埠医学院大学生创新训练项目

在线出版日期：2023-08-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：1001-1010