基于RNA结合蛋白构建结肠癌预后模型及其验证

摘要：

目的 构建结肠癌(Colorectal cancer,CRC)的RNA结合蛋白预后模型并验证.方法 从癌症基因组图谱(Cancer Genome Atlas,TCGA)及高通量基因表达数据库(Gene Expression Omnibus data base,GEO)中下载结肠癌的RNA测序数据,并测定了正常组织和肿瘤组织中差异RNA结合蛋白(RNA binding protein,RBP)的表达水平.之后通过一系列生物信息学分析系统地研究了这些RBP的表达和预后价值.结果 共鉴定181个差异表达的RBP,其中121个表达上调,60个表达下调.7个RBP(POP1、TDRD7、TDRD5、PPARGC1A、LRRFIP2、CELF4、PAPOLB)被鉴定为预后相关的核心RBP,并用于构建预后模型.进一步分析发现,基于模型,高风险亚组患者总体生存期(Overall survival,OS)较低风险亚组患者低.预测模型的时间相依ROC曲线下面积在TCGA队列中为0.751,在GSE71187队列中为0.633,证实了一个良好的预后模型.本研究还建立了基于7个RBP mRNA和内部验证的列线图.结论 RBP预后模型对结肠癌显示出良好的预后鉴别能力.

关键词：结肠癌、RNA结合蛋白、总体生存率、预后模型、生物信息学

所属期刊栏目：42

分类号：R735.3+5(肿瘤学)

资助基金：安徽省中央引导地方科技发展专项项目;皖南医学院重点科研培育项目

在线出版日期：2021-06-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：737-743