胃癌患病风险关键基因筛选

摘要：

目的:筛选胃癌患病风险关键基因,为进一步相关性研究提供参考.方法:检索Pubmed/Medline和Embase数据库,收集胃癌患病风险相关基因的文献,运用生物信息学的方法对获得的基因进行分析.结果:954篇文献符合要求,共涉及268个基因,其中不同功能的GO分类780种,京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and ge-nomes,KEGG)通路67种,而贝叶斯因子＞1、P≤0.001且误判率≤0.001的GO分类有94种,KEGG通路有6种,主要涉及应激反应、DNA损伤修复、细胞生理调控过程、细胞凋亡、免疫反应、细胞因子与细胞因子受体相互作用、Toll样受体信号通路、Jak-STAT信号通路以及MAPK信号通路相关.所涉及基因的蛋白产物通过在线String 9.0软件构建蛋白网络,运用Cytoscape 2.8.2软件将构建的蛋白网络图可视化及量化.筛出24个关键候选基因,包括STAT3、EGFR、NFKB1、GSTP1、IL4、IFNG、PARP1、MMP9、JUN、IL6、TNF、IL1B、CD4、CDH1、SMAD4、HRAS、PTGS2、EGF、VEG-FA、MLH1、TP53、CASP3、TGFB1和CCND1,其中5个关键基因是PTGS2、TNF、IL6、NFKB1和TP53.结论:胃癌患病风险关键基因可为胃癌遗传易感性研究提供参考,针对这些基因的大样本跨种族及高质量的临床研究可能是未来的方向.

关键词：胃肿瘤、患病风险、基因、生物信息学

所属期刊栏目：21

分类号：R735.2(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金81202073;高等学校博士点专项科研基金20114433120009

在线出版日期：2014-03-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：95-99