胰腺癌Panc-1细胞microRNA差异表达谱生物信息学的分析

摘要：

目的:对胰腺癌细胞差异miRNAs表达谱进行生物信息学分析,以期从整体水平揭示microRNA在胰腺癌癌变和进展中的作用.方法:采用含有924条探针的microRNA微阵列检测胰腺癌Panc-1细胞,以3T3成纤维细胞为对照,筛选Panc-1细胞特异性microRNA表达谱；然后对上调和下调microRNA的靶基因进行Gene Ontology、Pathway和TFBS转录因子结合位点分析,以及构建microRNA和靶基因相互作用网络.结果:与3T3成纤维细胞的microRNA表达谱比较,筛选出9个Panc-1上调microRNA,20个下调microRNA.TargetScan和miRanda软件预测出1 166个microRNA靶基因在Panc-1细胞中上调,212个靶基因下调.以上靶基因在DNA代谢、细胞间信号和胞质溶胶3种GO中富集显著；靶基因共涉及50条信号通路,其中富集度P＜0.05的信号通路有6条；转录因子结合位点分析表明,CEBP-β、NF-kB和p53等对于上调以及下调的microRNA可能都有调节作用；microRNA和靶基因的相互作用网络分析表明,HIF-1A等基因连接度高.结论:利用生物信息学方法对胰腺癌细胞microRNA表达谱进行数据分析,可以为进一步了解胰腺癌的发病机制提供新的思路.

关键词：胰腺肿瘤、微RNAs、基因表达谱、计算生物学

所属期刊栏目：18

分类号：R735.9(肿瘤学)

在线出版日期：2012-02-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：1522-1525