一种新型琼胶酶AgaB的基因克隆及生物信息学分析

摘要：

利用从青岛近海发现的一株高产琼胶酶的假别单胞菌CY24(Pseudoalteromonas sp.CY24)建立基因组DNA文库后,用水解圈的方法从中筛选到一个具有琼胶酶活性的阳性克隆pBA1.pBA1的序列分析结果表明,插入DNA片段的长度为6.7 kb,含有4个推测读码框架,并利用亚克隆法确定了琼胶酶的编码基因agaB.agaB基因的开放阅读框架为1 437 bp,编码478个氨基酸,理论分子量为50.9 kDa,在N末端有一个包含38个氨基酸的信号肽.推测的成熟蛋白质的分子量和等电点分别为47.2 kDa和4.83.AgaB的氨基酸序列与已知蛋白质包括所有的糖苷水解酶序列完全没有相似性;HCA的蛋白质二级结构分析结果表明,AgaB不同于其他已知琼胶酶.因此,推测AgaB为一新型的琼胶酶,代表一个新的糖苷水解酶家族.

关键词：琼胶酶、基因克隆、序列分析

所属期刊栏目：28

分类号：Q93.331(微生物学)

资助基金：青岛科技大学校科研和教改项目0022203

在线出版日期：2008-04-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：512-515