彩叶香樟转录组SSR鉴定及指纹图谱构建

摘要：

彩叶香樟(Cinnamomum camphora)是近年选育的春色叶新品种,市场前景广阔,但尚未建立有效的鉴别技术体系,影响了新品种权保护及市场流通.为了实现彩叶香樟新品种的快速鉴定,本研究基于转录组开发SSR标记,并构建其指纹图谱.利用Illumina高通量测序平台对彩叶香樟新品种'涌金'(C.camphora'Yongjin')进行转录组测序,共获得129175条单基因簇(Unigene),总长度为92429171 bp.通过MISA(MIcroSAtellite identification tool)软件对转录组序列进行SSR搜索,发现28895条序列中含有36430个SSR位点,平均2537.2 bp出现一个SSR,发生频率为22.37%;单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸重复单元分别占总SSR的49.74%、29.12%和19.93%.随机选择54对引物进行PCR扩增,能够清晰扩增出期望产物的引物有39对,其中32对在23份香樟种质资源中表现多态性.采用非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)对23份香樟种质进行聚类分析,其相似系数为0.69～0.88.在相似性系数0.70处,可将供试材料分为三大类群.选出c117334、c90845、c108367、c115142、c49114、c101928共6对引物组合构建指纹图谱,能有效将3个新品种与其子代以及不同地理来源的香樟种质完全区分.本研究为彩叶香樟新品种鉴定、知识产权保护以及分子辅助育种提供技术支持和理论依据.

关键词：香樟、彩叶新品种、转录组、SSR、指纹图谱

所属期刊栏目：31

分类号：S792.23(森林树种)

资助基金：浙江省省院合作林业科技项目;杭州市科技发展计划项目;浙江省农业林木新品种选育重大科技专项课题

在线出版日期：2023-10-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：2423-2434