欧洲葡萄碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)基因家族密码子使用偏性分析

摘要：

碱性螺旋-环-螺旋(basic helix-loop-helix,bHLH)转录因子作为植物转录因子最大家族之一,在植物生长发育、胁迫应答和植物次生代谢中具有重要的调控作用.本研究利用CodonW及SPSS等软件,计算和统计分析了欧洲葡萄(Vitis vinifera) bHLH基因家族106条序列密码子的使用模式,并对影响该基因家族密码子组成及编码特点的主要因素进行了探讨.结果表明,bHLH基因家族密码子GC1与GC2之间的相关系数达到极显著水平(P＜0.01),GC3与GC1、GC2的相关系数经双尾检验均未达到显著水平(P＞0.05);ENC与GC1、GC2和GC3的相关系数分别为0.1439、0.0463和0.1766,均未达到显著水平(P＞0.05),ENC和GCtotal的相关系数为0.1989,达到显著水平(P＜0.05);确定了19个最优密码子,多以G或C结尾;推测该基因家族密码子的偏性可能是由选择和突变共同影响的.研究结果为深入开展葡萄属(Vitis)植物bHLH基因家族分子进化、表达调控机制和提高该基因家族成员预测的准确性以及进一步应用该基因家族成员进行葡萄抗逆改良等提供了重要的理论依据.

关键词：欧洲葡萄、碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)基因家族、密码子偏性、分子进化、最优密码子

所属期刊栏目：22

分类号：S43;S66

资助基金：宁夏自然科学基金NZ1108

在线出版日期：2014-05-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：440-448